В 92-м году инициировал создание профсоюза работников Российской академии наук и был избран первым заместителем председателя Совета профсоюза.

Действительный член Международной Академии наук.

Политическую деятельность начал как член предвыборной команды Андрея Сахарова. В сентябре 93-го года Координационному Совету Клуба избирателей при Академии наук представил Программу реформ в российской науке, которая после разгона Верховного Совета была разослана президенту Борису Ельцину, и.о. премьер-министра Егору Гайдару и экономисту Григорию Явлинскому. Гайдар не ответил. Не ответил и Ельцин, но полностью, со всеми запятыми переписал базовые положения Программы в свое первое Послание Президента Федеральному Собранию РФ. Алексей ЗАХАРОВ был приглашен в команду Явлинского и стал автором раздела "Наука" предвыборной 1993-го года платформы блока "Явлинский-Болдырев-Лукин".

В начале работы в Государственной Думе был избран руководителем аппарата Комитета по образованию, культуре и науке, затем - руководителем аппарата фракции "Яблоко". 

В июле 94-го года закончил разработку проекта Закона "О науке" - это была первая в истории Думы законодательная инициатива какой-либо из фракций.

С декабря 1995 года по декабрь 1999 года - депутат Государственной Думы, заместитель председателя Комитета по конверсии и наукоемким технологиям. Работает над созданием законов "О наукоградах" и "О конверсии оборонной промышленности".

Женат, имеет сына и дочь.

2003 год

Разрешение дышать Андрей Степанов "Московские новости",   14 октября 2003 года

Надо ли школьникам уметь собирать автомат Калашникова? Депутаты решили возвратить российские школы в военизированное прошлое Никита Петров Страна.Ru   10 октября 2003 года

Дума вышла из-под контроля Кремля Елена Руднева Газета.Ru,   7 октября 2003 года

2001 год

Демократы готовятся к объединению - Член бюро центрального совета партии "ЯБЛОКО" Алексей Захаров считает, что это произойдет в начале июня - Лидия Андрусенко, Независимая газета от 31 марта 2001 года

Безобидные посиделки: демократы не хотят в оппозицию - Московский комсомолец, 15.03.2000, Юлия Калинина

Алексей Захаров о подготовке к созыву Демсовещания - "Партинформ", 7 марта 2001 года

Алексей Захаров, Запрос в Конституционный Суд: 3-ий срок Б.Ельцина (идя навстречу пожеланиям трудящихся), 19.05.98

Алексей Захаров, Окончание эпохи Ельцина

Алексей Захаров, Вор должен сидеть в тюрьме, а не в кресле Президента Республики

Алексей Захаров, Выступление по мотивам голосования по закону “О Высшем Совете по защите нравственности на телевидении и радиовещании” 

Алексей Захаров, Премьер дал обещание фракции "ЯБЛОКО"

Алексей Захаров, Душа по-прежнему рвется в океан, "Кворум", 22 апреля 1998 года, №3, с.7

Закладка яблоневого сада 8 мая 1999 года

Фракция "Яблоко" за прекращение государственного финансирования мавзолея Ленина, Госдума - против, пресс-релиз от 04 декабря 1998 года

“Яблочники” не оставят коррупционеров в покое, пресс-релиз от 09 декабря 1998 года

Депутат Госдумы А.Захаров выступает за немедленный созыв Совбеза в связи с заявлением президента Калмыкии, пресс-релиз от 18 ноября 1998 года

Президентов по осени считают. Конституционный суд назначил дату рассмотрения запроса Думы о третьем сроке Ельцина, ежедневная газета "Время", 2 июля 1998 года, № 19, с.2

Владимир Емельяненко, Шах президенту ФИДЕ, "Московские Новости", №24, 21-28 июня 1998 года, стр.8

Убийство Ларисы Юдиной: хроника расследования, 19 июня 1998 года

Светлана Ильина, “Яблоко” призывает президента покончить с антидемократическим произволом, царящим в регионах, "Независимая газета", 19.06.98

Госдума РФ в четверг приняла в первом чтении законопроект о внесении изменений в действующий закон "О выборах президента РФ", пресс-релиз от 12 июня 1998 года

Депутат Госдумы Алексей Захаров предлагает устранить дефект в законодательстве, пресс-релиз от 19 марта 1998 года

Наука, культура, образование, здравоохранение, экология, отчет фракции "Яблоко", июнь 1997 года

Алексей Захаров выступил против принятия Постановления Госдумы "Об антигосударственной и антинародной кампании некоторых средств массовой информации против создания Союза Россия-Беларусь", "Яблоко России", апрель 1997 года

Материалы ЦС 05. 04. 97 г. Из выступлений в прениях по проблемам партийного строительства, "Яблоко России", апрель 1997 года

Политическая активность "Яблока", 22 января 1996 года