В марте 1998 года проходит очередной VI съезд объединения "Яблоко". 23 марта 1998 года разразился правительственный кризис - в отставку отправлено черномырдинское "правительство победителей".  Президент Б.Ельцин  выдвигает кандидатуру С.Кириенко, угрожая распустить Госдуму в случае  его трехкратного отклонения Госдумой. Фракция "Яблоко" отказывает С.Кириенко  в поддержке при избрании на пост премьер-министра из-за отсутствия четкой программы действий с его стороны. Г.Явлинский предлагает в качестве копромисса на пост Премьера кандидатуру Е.Примакова. Но в этот раз его предложения не были услышаны. "Яблоко" формулирует основные задачи, стоящие перед новым российским правительством. Главный вопрос - вопрос доверия к правительству.

Правительственный кризис затянулся до конца апреля. После первого и второго  голосований в Госдуме по кандидатуре С.Кириенко "Яблоко" принимает единственно возможное решение: в случае открытого голосования голосовать против С.Кириенко и не принимать участия в тайном голосовании, чтобы избежать обвинений в непоследовательной позиции. В третьем голосовании 24 апреля 1998 года, благодаря поддержке фракции КПРФ, С.Кириенко становится Председателем Правительства РФ. 

11 апреля Б.Ельцин вносит в Госдуму пакет документов по ратификации договора СНВ-2. "Яблоко", считая договор СНВ-2 отвечающим государственным интересам Росиии,  выступает за его скорейшую ратификацию.

В мае наступает временное политическое затишье - майские праздники. 20 мая 1998 года Госдума утверждает коммуниста Миронова в качестве уполномоченного по правам человека. "Яблоко" выступает с осуждением этого шага.

Начало июня  - политическое убийство. 7 июня 1998 года в Калмыкии  убита руководитель яблочной организации в Калмыкии, главный редактор газеты "Советская Калмыкия сегодня" Лариса Юдина. В Башкортостане  с серьезными нарушениями российского законодательтва проходят выборы президента республики. Бастующие на "горбатом мосту" шахтеры пытаются привлечь внимание к проблемам с выплатой заработной платы. Формируется комиссия по импичменту Президента РФ. "Яблоко" поддерживает отставку Президента РФ за развязывание им войны в Чечне.

В июле 1998 года правительство С.Кириенко вносит в Госдуму пакет антикризизных законопроектов. "Яблоко" выступает с поддержкой всех разумных мер правительства. МВФ выделяет первый транш кредита по поддержке российского рубля. В конце июля Госдума уходит на летние каникулы.

17 августа 1998 года разражается финасовый кризис. Президент РФ отправляет в отставку правительство С.Кириенко - второй правительственный кризис за год. "Яблоко" заявляет о своей готовности взять на себя ответственность по формированию нового правительства и выводу страны из кризиса. Б.Ельцин выдвигает на пост премьер-министра кандидатуру В.Черномырдина, отставленного весной. "Яблоко" отказывается поддерживать Черномырдина, считая  это политическим фарсом. Одновременно "Яблоко" предлагает комплекс первоочередных мер по стабилизации ситуации в стране. Различные ветви власти пытаются заключить политическое соглашение. Госдума голосует против кандидатуры Черномырдина.

В сентябре назревает глубочайший политический кризис. "Яблоко" предлагет на пост премьера компромиссную кандидатуру Е.Примакова. Явлинский выдвигает концепцию "политического премьера". 7 сентября 1998 года Госдума повторно  голосует против кандидатуры В.Черномырдина. Ельцин вносит кандидатуру Примакова. 11 сентября Госдума голосует за кандидатуру Е.Примакова на пост премьера. "Яблоко" готово сформировать весь экономический блок правительства. Однако, Е.Примаков назначает куратором экономического блока Маслюкова и предлагет Явлинскому одному войти в правительство в качестве вице-премьера по социальным  вопросам. Явлинский отказывается, считая такое участие в работе правительства, нарушающим принципы единой команды "Яблока".
В конце сентября 1998 года Г.Явлинский с сердечным приступом попадает в больницу.

В октябре "Яблоко" выражает поддержку Е.Примакову, но осуждает методы формирования правительства. 28 октября 1998 года Г.Явлинский в интервью английской газете "Дейли Телеграф" заявляет о возможной коррупции в правительстве Примакова. Разражается крупный политический скандал. "Яблоко" предлагает программу антикризисных мер.

В ноябре 1998 года депутат Макашов, поддержанный фракцией КПРФ, выступает с антисемитскими заявлениями. "Яблоко" требует официального осуждения заявлений Макашова. Продожается антикоррупционный скандал. "Яблоко" готовит официальный запрос на имя Е.Примакова по фактам коррупции в правительстве. Руководство компании "Медиа-Мост" заявляет о стратегической поддержке Г.Явлинского. Визит Г.Явлинского в Германию. Провокационный заявления К.Илюмжинова о возможном выходе Калмыкии из состава РФ. 21 ноября 1998 года - убийство в С.Петербурге депутата ГД Галины Старовойтовой.  Демократические силы заявляют о создании антикриминального фронта.

4 декабря 1998 года Е.Примаков дает официальный ответ на запрос группу депутатов фракции "Яблоко" по фактам коррупции в правительстве. Суть ответа - коррупции у нас нет. 6 декабря - первый тур выборов в Законодательное Собрание С.Петербурга. "Яблоко" проводит во второй тур 23 кандидата, 1 кандидат от "Яблока" выигрывает в первом туре. 17 декабря - удар США и Великобритании по Ираку. 20 декабря - второй тур выборов в ЗакС. "Яблоко" получает 8 мест в ЗакС С.Петербурга и поддерживает 9-х победивших во втором туре независимых кандидатов. Начинается обсуждение проекта бюджета РФ на 1999 год. Принимаются поправки к закону "О соглашениях о разделе продукции" в редакции "Яблока". "Яблоко" празднует пятилетие с момента создания.