Линия государственной границы на суше фактически закрепляет линию прежней административной границы, обозначенной на карте 1963 г. издания масштаба 1:100 000. Последовательно выдержан принцип, в соответствии с которым любая корректировка линии границы по сравнению с «линией 1963 г.» должна быть незначительной и подлежать адекватной компенсации.

Линия разграничения между Россией и Литвой на Балтике (граница в территориальном море, линия разграничения исключительной экономической зоны и континентального шельфа) была установлена впервые. В соответствии с российским предложением, она базируется на срединной равноотстоящей линии. В ходе переговоров было отведено как противоречащее российским интересам литовское предложение о том, чтобы граница в территориальном море на 3 мили представляла собой продолжение направления сухопутной границы на Куршской косе. В целях достижения согласия было сочтено возможным на крайнем западном отрезке линии разграничения предоставить Литве проход к шведской рыболовной зоне. В этой связи Литва компенсировала РФ участок моря в 4,2 кв. км. Литвой принята рассчитанная Главным управлением навигации и океанографии Министерства обороны РФ спрямленная линия разграничения (с одним изломом).

В результате осуществленного в рамках Договора о российско-литовской государственной границе обмена небольшими участками Стороны возместили друг другу в общей сложности по 413,8 га. Никаких территориальных уступок Литве, то есть передачи ей территорий без адекватной компенсации, не предусматривается. При этом по суше баланс в пользу РФ: Литве передано 9,1 га земли, Россия получила 45 га суши.

Фракция «ЯБЛОКО» поддержала ратификацию Договора.