Съезд сформировал руководящие органы партии. В Политический комитет – новый руководящий орган, состоящий из 12 членов, - вошли Григорий Явлинский, Сергей Иваненко, член-корреспондент РАН Алексей Арбатов, руководитель ФАС Игорь Артемьев, правозащитник Сергей Ковалев, один из авторов российской Конституции Виктор Шейнис, эколог, член-корреспондент РАН Алексей Яблоков, член ЦИК РФ Елена Дубровина, бывший руководитель Горно-металлургического профсоюза России Борис Мисник, председатель Петрозаводского горсовета, лидер Карельского «ЯБЛОКА» Василий Попов и один из лидеров Санкт-Петербургского «ЯБЛОКА» Михаил Амосов. Председатель партии Сергей Митрохин вошел в ПК по должности.

В Бюро партии было избрано 18 человек: Валерий Борщев, Борис Вишневский, Анатолий Голов, Александр Гончаренко, Валерий Горячев, Евгения Диллендорф, Мария Дронова, Михаил Евраев, Дмитрий Коннычев, Александр Кузнецов, Владимир Кузнецов, Светлана Кузнецова, Алексей Мельников, Максим Резник, Николай Рыбаков, Ольга Цепилова, Александр Шишлов и Лев Шлосберг.

В состав Контрольно-ревизионной комиссии вошли Борис Моисеев, Михаил Петров, Дмитрий Илюшин, Николай Кислица и Андрей Талевлин.

В состав партийного Арбитража вошли Андрей Бабушкин, Ильдар Фасеев, Лазарь Бартунаев, Ольга Покровская, Борис Парфенов, Игорь Лебедев и Вадим Монин.