10-11 июня 2006 года в Подмосковье прошел очередной съезд партии "ЯБЛОКО". Съезд приветствовал создание нескольких фракций: "Зеленая Россия" (на базе партии "Зеленая Россия"), "Солдатские матери" (на базе региональных Комитетов солдатских матерей), правозащитная (на базе ряда правозащитных организаций), а также молодежного и гендерного внутрипартийных объединений (справка о них, их целях и задачах). Их лидеры избраны в руководящие органы партии.

Руководитель фракции "Зеленая Россия" член-корреспондент РАН Алексей Яблоков избран заместителем председателя партии "Яблоко". На довыборах в Бюро "Яблока" сто процентов голосов (впервые в истории выборов в руководящие органы партии) получила председатель фракции "Солдатские матери" Светлана Кузнецова. В Бюро были также избраны три представителя фракции "Зеленая Россия": Александр Никитин, Владимир Кузнецов, Россия"Ольга Цепилова, Илья Яшин ("Молодые демократы"), Галина Михалева ("Гендерная") и Михаил Евраев.

Съезд принял решение об изменении названия партии на "Российскую объединенную демократическую партию "Яблоко"". В уставе предусмотрены также сокращенные названия, например, "Российская объединенная демократическая партия", "Яблоко - объединенные демократы", партия "Партия "Яблоко".

Съезд подтвердил линию партии на оппозицию власти. "Мы заявляем, что находимся в последовательной оппозиции к авторитарно-бюрократическому режиму, установленному в современной России на олигархическом фундаменте, заложенном в 90-е годы. Для нас в равной мере неприемлемы как нынешний авторитарный режим, так и реставрация породивших его ельцинских порядков", - говориться в новой редакции программы партии - "Демократическом манифесте".

Для доработки программы с учетом целей и задач новых фракций решением съезда создана программная комиссия. По инициативе санкт-петербургской организации съезд поручил Бюро "Яблока" организовать общепартийную дискуссию по ключевым политическим вопросам.

В политической резолюции съезда подчеркивалось, что "сформировавшийся в России авторитарный режим действует вопреки интересам страны, общества, граждан". В докладе председателя партии Г. граждан"Явлинского и в итоговой резолюции съезда предложена концепция Нового общественного договора, "меняющего характер взаимоотношений государства и граждан так, чтобы правительство служило народу, а не наоборот.

В специальной резолюции съезда "Об экологической политике" (приложен текст в формате RTF) подчеркивается, что экологические проблемы должны быть важной составной частью региональных программ и акций партии, станут важной частью предвыборной платформы партии в 2007-2008 годов. Специальной резолюцией съезд включил большой раздел "Здоровье природы и человека" в программу партии, а в Устав - в качестве одной из форм деятельности - организацию и проведение общественной экологической экспертизы.

Было принято заявление съезда о необходимости проведения активной государственной демографической и семейной политики, в котором партия излагает свою концепцию решения самых острых проблем в этой сфере. Кроме того, "Яблоко" предлагает всем политическим силам страны, общественным и некоммерческим организациям объединить усилия, разработать Национальную программу "Демографическое развитие России" на период 2007-15 годы, в которой отразить государственные приоритеты по решению вопросов демографии, поддержке семьи, материнства и детства.

Были также приняты резолюции о необходимости вывода из эксплуатации атомных энергетических станций, отслуживших проектный срок, в поддержку осужденного Михаила Трепашкина, об опасности разжигания национальной розни, о важности гендерной политики и другие, которые будут обнародованы после окончания редактирования.

Вечером 10 июня состоялось первое общее организационное собрание фракции "Зеленая Россия", которое избрало временное Бюро, одобрило временное Положение о Фракции, обсудило актуальные направления работы Фракции. Собрание высказалось о целесообразности созыва Всероссийской конференции Фракции в ноябре этого года. Во временное Бюро вошли председатель (А. Яблоков), три заместителя председателя (Владимир Кузнецов, Александр Никитин, Ольга Цепилова) и 9 членов партии: Валентин Батищев (Воронеж), Галина Болдырева (Волгоград), Лина Зернова (Ленинградская обл.), Александр Каплин (Ульяновск), Лариса Корнева (Ставропольский край), Сергей Малыхин (Алтайский край), Дмитрий Рыбаков (Карелия), Татьяна Трибрат (Краснодарский край), Анатолий Чомчоев (Якутия).