Суммарное количество загрязняющих веществ, поступивших в атмосферу от ОАО БЦБК в 2008 году, составило 5027, 38 тонн.
По данным ИУГМС за период 2004-2008 гг. в Байкальске возросли средние годовые концентрации: диоксида азота, оксида углерода, железа.
Существенный дискомфорт для человека в окрестностях БЦБК определяется высокой концентрацией в воздухе дурнопахнущих соединений серы-сероводорода, метилмеркаптана, диметилсульфвида. Запах ощущается в радиусе до 10 км. Воздействие выбросов Байкальского ЦБК на растительность наблюдается на значительных расстояниях (более 25-30 км от источника выбросов).
Промышленная зона ОАО БЦБК тянется на 12 км. На этом участке природные ландшафты побережья полностью нарушены: стоят производственные корпуса, дымовые трубы высотой 100-120м., построены и заполнены шламонакопители объемом около 5 млн.м3 и золошламотвалы объемом свыше 3 млн. м3, проложены трубопроводы, построены емкости для хранения химикатов, нефтепродуктов. Ущерб ландшафтам значителен - БЦБК выводит из разряда природных объектов около половины всей площади Южного Байкала.
При высокой сейсмичности района присутствует высокая степень аварийного риска.
Территория Южного Прибайкалья является селеопасным районом. Город располагается в районе южного побережья с наибольшим количеством осадков (свыше 1200мм/год) и максимальной мощностью снежного покрова (до 750 мм/год и более).
Многолетние санитарно-бактериологические исследования в районе сброса сточных вод БЦБК выявляли высокий уровень бактериологического загрязнения локальных участков акватории сброса.
Для наблюдения за влиянием очищенных сточных вод Байкальского ЦБК на качество вод оз. Байкал в контрольном створе (100 м от глубинного выпуска) в 2008 г. было проведено 8 съемок: в апреле, июне, августе, сентябре и октябре). Пробы воды отбирались на 5 вертикалях через каждые 10 м по глубине. Оценка показателей качества воды озера Байкал в контрольном створе проводилась в соответствии со специальными нормами ПДК, введенными с 01.01.1985 г. (Разработаны Росгидрометом для контрольного створа БЦБК).
Выполненные гидрохимические съемки показали, как и в предыдущие годы, наблюдались нарушения качества воды в контрольном створе. Среднегодовая концентрация фенолов составляла 2 ПДК, среднеквартальные концентрации находились в пределах 1 – 3 ПДК. Содержание взвешенных веществ, сульфатов, хлоридов, фенолов по максимальным концентрациям превышали нормы в 1,8 раза, в 2,3 раза, в 2,7 раза, в 10 раз соответственно.
По сравнению с 2007 годом, возросли максимальные значения концентраций сульфатов, хлоридов и фенолов в 2,2 раза, в 1,3 раза, в 2 раза соответственно и незначительно (в 1,03 раза) минеральных веществ. Снизилось содержание взвешенных веществ в 1,9 раза. Диапазон изменения показателя кислотности воды соответствовал уровню предыдущего года. Процент загрязненных фенолами проб возрос относительно 2007 года в 1,9 раза; сульфатами, хлоридами и взвешенными веществами снизился в 1,2 раза, в 5,8 раза и в 2,5 раза соответственно. Качество воды в контрольном створе в 2008 году, как и в 2007 г., не соответствовало установленным нормам.
В 2008году ОАО Байкальский ЦБК предъявлены штрафные санкции в размере 4,6 млрд. руб. за несоответствие экологическим ограничениям.
Накопленные миллионы кубометров шлам-лигнина, золы ТЭЦ, отходов ЦКРИ другие в условиях высокой сейсмичности представляют угрозу для экосистемы оз. Байкал.