Говорить о возвращении Исаакиевского собора РПЦ некорректно, потому что собор никогда ей не принадлежал. После освящения Исаакия в 1858 году управление им осуществляла ведавшая возведением храма Комиссия о построении Исаакиевского собора, получавшая средства из Государственного казначейства. С 1864 года руководство собором перешло Главноуправляющему путями сообщения и публичными зданиями, а с 1878 года – Министерству внутренних дел.
В те годы церковь уже заявляла свои претензии на владение собором. Но специальная комиссия
рассудила следующим образом:
«собор является крупным памятником государственного достояния, на который истрачено казною свыше двадцати трёх миллионов народных денег и сорок лет труда, а потому и забота о поддержании и сохранении его в должном порядке естественно должна быть в руках правительства».
В 1925 году, когда собор ненадолго оказался под руководством так называемых «обновленцев» (представителей православной церкви, горячо приветствовавших советскую власть и активно сотрудничавших с ее органами), состояние памятника было признано аварийным. Подчеркивая, что церковная община «не способствует сохранению здания собора», начальник Ленинградского отделения государственных реставрационных мастерских Александр Удаленков
писал: «Ремонт и поддержание таких художественно-исторических архитектурных памятников мирового значения как Исаакиевский и Смольный соборы посильны только государству». Тот факт, что Церковь и сегодня планирует содержать собор на средства городского бюджета, лишь подтверждает этот вывод.
Таким образом, передача Исаакиевского собора в пользование РПЦ не может считаться реституцией (возвращением религиозным организациям их собственности и имущества, изъятых ранее советским государством) – собор на протяжении всей своей истории находился на попечении государства и рассматривался в первую очередь как памятник государственного значения, а не приходской храм.
Стоит также заметить, что руководство музея не препятствовало совершению богослужений в храме. Более 20 лет здание используется музеем и церковью совместно. В 2016 году в соборе прошло 640 богослужений. Всего в прошлом году Исаакиевский собор посетили 3,85 миллиона человек, при этом лишь 0,8% от всего количества составили прихожане. Поэтому утверждения представителей Церкви о том, что собор используется «не по назначению», выглядят весьма сомнительными.